Dezorganizacja archiwum postępowała stopniowo. Rozpoczęło ją przeniesienie siedziby Duszpasterstwa Środowisk Twórczych do nowo odrestaurowanego i poświęconego kościoła św. Brata Alberta i św. Andrzeja Apostoła w Warszawie w 1999 roku. Budynek został poważnie uszkodzony w wyniku pożaru w 2008 roku, a samo Archiwum musiało być przeniesione. Ostatecznym powodem dezintegracji przyszło wraz z odejściem na emeryturę ks. Niewęgłowskiego, twórcy i zarządcy kolekcji, który zabrał część zawartości archiwum do swojego domu w Zbuczynie. Pozostałe elementy archiwum zostały rozproszone i podzielone pomiędzy sympatyków Duszpasterstwa, którzy przechowują je w swoich mieszkaniach.
