Historia Filmoteki związana jest silnie z postacią historyka sztuki, kuratora, a od niedawna także reżysera filmów fabularnych, Łukasza Rondudy.
Pracując w innej ważnej warszawskiej instytucji sztuki – Centrum Sztuki Współczesnej – rozpoczął badania naukowe nad polską awangardą artystyczną lat 70.
W ich ramach, nawiązując kontakty z artystami, zebrał dużo filmów, tworzył ich cyfrowe kopie i założył archiwum materiałów dotąd niedostępnych, trzymanych w prywatnych domach, na nieużywanych współcześnie nośnikach. Prezentował je na pokazach i wystawach. Ten zbiór staje się zalążkiem kolekcji Filmoteki.
Podsumowaniem okresu intensywnych badań była wydana w 2009 książka Sztuka polska lat 70. Awangarda, do której artysta Piotr Uklański stworzył koncepcję graficzną.
W tym samym czasie powstawało Muzeum Sztuki Nowoczesnej. W 2010 roku dyrektorka Joanna Mytkowska powierzyła Rondudzie misję zbudowania działu filmowego Muzeum. Kurator uczestniczy też w wypracowywaniu koncepcji Muzeum.