Instytut Pamięci Narodowej zaczął pozyskiwać dokumenty z porozsiewanych po różnych resortach instytucji we wczesnych latach dwutysięcznych. Zaczął wtedy przejmować archiwa od: Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Urzędu Ochrony Państwa, Policji, Wojskowych Służb Informacyjnych, Straży Granicznej, Ministerstwa Obrony Narodowej i wielu innych. Wiele z tych przejęć było pospiesznych i przeprowadzonych bez należytego przygotowania, stąd proces porządkowania i katalogowania zbiorów ciągle trwa.