Muzeum Regionalne w Jarocinie jest samorządową instytucją kultury istniejącą pod obecną nazwą od 1971 roku. Wcześniej, przez 11 lat funkcjonowało Muzeum Etnograficzne, które mieściło się w zabytkowym Skarbczyku – pozostałości średniowiecznej siedziby właścicieli Jarocina. Muzeum Regionalne odziedziczyło zarówno tę lokalizację, jak i zbiory, związane przede wszystkim z historią miasta. Nowa instytucja gromadzić miała także obiekty o charakterze etnograficznym, archeologicznym i artystycznym z całego powiatu jarocińskiego. W 1973 roku Muzeum Regionalne zyskało statut, co oznaczało profesjonalizację placówki.

W 1990 roku Muzeum przeniosło się do obecnej siedziby w odrestaurowanym budynku ratusza w rynku Jarocina, dzięki czemu placówka zyskała nowe przestrzenie wystawowe, magazyny i pracownię. W następnych latach rozwinięto działalność edukacyjną, wystawienniczą i badawczą. W 2014 roku otwarto Spichlerz Polskiego Rocka – drugą, po galerii Skarbczyk, filię Muzeum Regionalnego. Przez ponad 36 lat, do 2005 roku dyrektorem Muzeum Regionalnego był Eugeniusz Czarny. Po jego odejściu na emeryturę nowym szefem instytucji został w 2006 roku Sebastian Pluta, który pełni to stanowisko do dzisiaj. Łącznie Muzeum zatrudnia siedem osób.