Stanisław Flis był wieloletnim pracownikiem Archiwum Państwowego w Gdańsku (1989-2008), Instytutu Pamięci Narodowej - oddział w Gdańsku (2008-2012) i przede wszystkim Archiwum Komisji Krajowej NSZZ "Solidarność" (2012-2014). Od 1996 roku był aktywnym członkiem Stowarzyszenia Archiwistów Polskich, prezesem i wiceprezesem Oddziału w Gdańsku (2004-2012), a także członkiem Zarządu Głównego SAP (2012-2014). To on był spiritus movens porządkowania Archiwum Komisji Krajowej NSZZ "Solidarność", digitalizowania i udostępniania zbiorów; wykształcił także swoich następców. Służył jako łącznik między pomorskimi stowarzyszeniami i instytucjami zajmującymi się spuścizną "Solidarności", dbał o promocję zasobów Archiwum wśród badaczy i pasjonatów najnowszej historii Polski. Stanisław Flis był także organizatorem wielu wystaw, konferencji i autorem licznych publikacji, w tym m.in. „Antoni Browarczyk – pierwsza śmiertelna ofiara stanu wojennego w Gdańsku", „Wojna o akta”, a także koordynatorem m.in. europejskiego projektu e-Rmione.
Od 2012 roku do śmierci w 2014 roku był zaangażowany w projekt „Rozproszone Archiwa NSZZ Solidarność”, który miał na celu stworzenie systemu informacji o miejscach, gdzie są przechowywane akta NSZZ „Solidarność” - aby badacze na bazie tych dokumentów mogli pisać historię "Solidarności".
